殺菌的主要對象是肉毒芽孢螺旋桿菌，此種菌能產生對人體造成致命傷害的毒素，其屬耐熱性厭氧菌，在121℃環境中三分將鐘將失去生物活性，在100℃環境中6個小時左右失去生物活性。當然，溫度越高，該病菌存活時間越短。經科學檢測，在121℃時殺菌較為適宜，此時包裝物有很好的耐熱性，而且食品口感也較為良好。121℃殺菌時，食品中心F值達到4，食品中就不會檢測出肉毒芽孢螺旋桿菌，達到了商業無菌的要求。
菌鍋的作用是為罐藏食品的高溫殺菌提供環境，能在的溫度、時間和壓力下對食品進行高溫殺菌，其必須有很好的熱分布性，即在殺菌時，容器內的任意一點溫度與平均溫度相差值應符合要求。如果某點的溫度低于平均溫度，那么該點就不能達到預定的殺菌F值，這個點附近的食品就無法達到殺菌要求。熱分布均勻是衡量殺菌鍋質量的重要技術指標，可以通過熱分布測定儀對其進行測定評估。
食品在高溫環境下，時間越長口感越差，營養流失越多，這就要求殺菌鍋內各點在升溫時溫度必須迅速達到一致，保持各點F值高度一致，這樣才能迅速結束殺菌過程。降溫也要迅速，以便使食品在盡量短的時間內脫離高溫環境，這就要求殺菌鍋的水流設計要科學合理，限度減少殺菌時間。